Как вариант, сохранять шифрованные заметки в файлы с определённым расширением, или добавлять в начало файла определённый заголовок, контент шифровать с помошью bluefish или AES (насколько помню, в python-crypto он же pycrypto он есть). А потом при отображении файла проверять наличие в нём этого заголовка/расширения, после чего выводить форму ввода пароля для пользователя. При верном вводе пароля содержимое расшифровывать и далее работать как обычно. (plain text/html/wiki).
Тут есть довольно простой пример по использованию: http://www.codekoala.com/blog/2009/aes-encryption-python-using-pycrypto/
